Assez fréquentes autrefois, certaines maladies transmissibles par les aliments sont devenues rares aujourd'hui dans les pays industrialisés.

La pasteurisation du lait est l'une des principales mesures qui a permis de réduire leur incidence. C'est le cas notamment pour la tuberculose d'origine bovine (Mycobacterium bovis), la fièvre Q (Coxiella burnetii, une rickettsie), la brucellose (Brucella abortus) et la diphtérie (Corynebacterium diphteriœ).

Ces maladies graves justifient facilement le maintien des traitements thermiques appliqués aux produits laitiers.

Aeromonas hydrophiia et Plesiomonas shigelloses

Aeromonas et Plesiomonas font partie de la même famille que les Vibrio. Comme ces derniers, ils sont largement répandus dans les eaux et la faune aquatique.
Bien que rarement présents dans la flore fécale humaine, ils prolifèrent rapidement dans les eaux riches en matière organique, notamment dans les eaux d'égout,
Leur présence a souvent été signalée dans les eaux de distribution, particulièrement durant la période estivale.

Plusieurs centaines de cas de gastro-entérites dues à Aeromonas hydrophiia ont été enregistrés dans le monde à la suite de la consommation d'huîtres crues.
En dehors des poissons et fruits de mer péchés dans des eaux fortement contaminées, l'origine précise de ces bactéries dans les aliments est mal connue. On a trouvé Aeromonas hydrophiia dans des viandes conditionnées sous vide; certaines souches sont psychrotrophes et peuvent croître lentement au réfrigérateur.
Aeromonas hydrophiia peut être à l'origine de complications graves (méningite, péricardite, pneumonie...).

Streptocoques du groupe D (entérocoques)

On associe certains cas de gastro-entérites à la présence d'un taux élevé d'entérocoques dans les aliments consommés (plats à base de viande ou de produits laitiers). Cette situation reflète une contamination fécale importante (les entérocoques font partie de la flore intestinale normale) doublée d'un séjour à la température ambiante.
Leur présence ne suffit toutefois pas à justifier leur rôle dans les toxi-infections alimentaires.

Entérobactéries diverses

Mis à part les Entérobactéries pathogènes (Salmonella, Shigella, Escherichia coli entéropathogène, Yersinia), la plupart des membres de cette famille bactérienne font partie de la flore banale de l'intestin des humains et des animaux.
Il est possible, cependant qu'une souche d'une espèce acquière brusquement des propriétés nouvelles. C'est du moins l'explication que l'on donne à l'émergence occasionnelle de certaines gastro-entérites.
On a ainsi démontré la présence d'une entérotoxine chez certaines souches de Klebsiella pneumoniœ. Les genres le plus fréquemment mis en cause sont Arizona, Edwarsiella, Proteus et Klebsiella. Ils peuvent aussi donner lieu à des gastro-entérites opportunistes lorsque ingérés en trop grand nombre dans les aliments.

Pseudomonas œruginosa

On a démontré la responsabilité de Pseudomonas œruginosa dans certains cas de toxi-infections alimentaires. Cette bactérie est habituellement bien tolérée par le tube digestif, mais l'ingestion d'un très grand nombre de cellules dans l'eau ou les aliments peut entraîner une gastro-entérite.
Une telle situation est toutefois peu fréquente, du fait des signes d'altération évidents qui accompagnent une telle prolifération bactérienne dans les aliments.