L'intolérance alimentaire correspond à une difficulté à digérer, métaboliser ou éliminer un composé ou un additif courant contenu dans un aliment.
La personne souffre de malaises chaque fois qu'elle consomme l'aliment en cause.
Cette intolérance provient habituellement d'une déficience enzymatique d'origine héréditaire.

L'exemple le plus connu est l'intolérance au lactose, sucre naturel du lait.
Les personnes qui manifestent cette intolérance souffrent de crampes, de ballonnement, de flatulence et même de diarrhée lorsqu'elles consomment de grandes quantités de lait.
Ces malaises proviennent d'une incapacité de l'individu à fabriquer, au niveau intestinal, l'enzyme nécessaire à la digestion du lactose. De ce fait, le sucre parvient au côlon sans avoir été digéré. À ce niveau, le lactose est fermenté intensément, avec production de gaz, par une partie de la flore intestinale (les coliformes, en particulier), ce qui provoque les malaises.

Quelques rares individus souffrent de cette intolérance dès la naissance, mais la plupart la développent un peu plus tard, après le sevrage.
La fréquence de ces cas d'intolérance varie considérablement selon les populations humaines considérées.
Les produits laitiers fermentes (yaourt, fromages affinés) sont mieux tolérés que le lait frais : le lactose a été en grande partie éliminé par la flore lactique au cours de la fermentation et les bactéries lactiques qu'ils contiennent poursuivent leur activité pendant encore quelque temps dans l'intestin grêle.

L'intolérance aux sulfites est un autre exemple.
Les personnes touchées réagissent très mal à la présence, même en faible quantité, de cet additif dans les aliments. Le problème est, semble-t-il, relié à l'absence d'une enzyme qui permet normalement de métaboliser rapidement les sulfites afin de les rendre inoffensifs.
Les sulfites peuvent déclencher des crises d'asthme graves, voire mortelles.