L'allergie est une réaction inappropriée et excessive de l'organisme à des substances inoffensives de l'environnement comme le pollen ou les poils d'animaux.

Dans le cas d'une allergie alimentaire, les réactions d'hypersensibilité sont dirigées contre un composé particulier, généralement une protéine, présent dans un ou plusieurs types d'aliments.
Pour qu'une sensibilisation à un composé alimentaire ait lieu, il faut que l'allergène, entre en contact avec les cellules du système immunitaire situées dans la profondeur de la muqueuse.
On parle de pseudo-allergie lorsque le système immunitaire n'est pas directement en cause.

Des éludes ont montré que l'alimentation du nourrisson au lait de vache (exposition précoce à des protéines étrangères et augmentation des risques d'infections intestinales) et une prédisposition familiale (père ou mère qui souffre déjà d'allergie alimentaire) sont des facteurs qui augmentent le risque de développer cette maladie.

On estime que de 1 à 2 % de la population souffre d'une allergie alimentaire. Les enfants sont plus fréquemment touchés car ils ont une barrière intestinale plus perméable aux protéines alimentaires.

Une personne peut être allergique à plusieurs aliments, en particulier lorsque l'allergène est présent dans plusieurs produits (allergène majeur).
Par exemple, une personne allergique à la protéine de la morue a de fortes chances d'être également allergique à un grand nombre de poissons car cette protéine est très répandue chez ceux-ci.
De même, l'allergie au gluten concerne plusieurs types de céréales.
Par contre, s'il s'agit d'un allergène mineur, un seul type d'aliment peut être en cause (arachide, par exemple).
Comme plusieurs protéines distinctes peuvent jouer le rôle d'allergène dans un même aliment, deux personnes allergiques au même aliment peuvent répondre à des allergènes différents.

D'autres personnes manifestent une grande sensibilité vis-à-vis un additif alimentaire particulier (colorant comme la tartrazine, édulcorant comme l'aspartame, rehausseur de goût comme le glutamate...). On pense qu'il s'agit de réactions pharmacologiques dues à la toxicité du produit lui-même.

Principaux produits susceptibles d'engendrer des allergies alimentaires
Lait de vache	Noix	Arachide
Céleri	Fève de soja	Poissons
Crustacés	Maïs	Tomate
Ail ou oignon	Oeuf	Coquillages
Blé	Divers fruits

Qu'il s'agisse de vraie ou de fausse allergie, la seule véritable solution pour les personnes sensibles est d'éviter la consommation des produits qui provoquent les manifestations indésirables.
Parmi les micro-organismes responsables des toxi-infections alimentaires, les bactéries sont de loin le plus souvent en cause (plus de 80% des cas ).

La comparaison de statistiques récentes montre une évolution dans la responsabilité de certaines bactéries. Quelques-unes sont moins fréquemment en cause qu'autrefois (Clostridium botulinum, Brucella), d'autres se maintiennent (Salmonella, Staphylococcus aureus) tandis que d'autres sont en émergence (E. coli entérohémorragique, Campylobacter, Yersinia, Listeria). Des changements dans les méthodes d'élevage ou de culture, dans les modes de préparation et de conservation des aliments ainsi que dans les habitudes alimentaires peuvent expliquer ce phénomène.